職能式組織結構的優(yōu)點是職能部門專業(yè)化程度高,，能具體深入指導相關業(yè)務。
職能式組織結構缺點是1,、沒有一個直接對項目負責的強有力的權力中心或個人,；
我們從圖表示的組織結構圖上來看，一個項目確立后,，總裁辦公室受總裁的委派來做項目計劃,，然后把工作分派到各個職能部門。項目執(zhí)行過程中有一個協(xié)調員來做一些協(xié)調性工作,。這種情況下誰對項目負責呢,，是總裁嗎？顯然總裁不會對具體項目負責,。是誰呢,？沒有人能說清楚。說不清楚,，實際上就是沒有人對項目負責,。
2、不是以目標為導向的,。
各職能部門（如究發(fā)部,、生產部、市場部）都很重視本部門的專業(yè)技術（業(yè)務）,，但沒有對完成項目所必須的對項目導向的重視職能部門經理常常傾向于選擇對自己部門最有利而不是對項目最有利的決策,，因此所做計劃常常是出于職能導向而很少考慮正在進行的項目。
3,、沒有客戶問題處理中心
因為不存在客戶問題處理中心,，因此所有的溝通都必須經過上一管理層,。上一管理層充當了客戶關系中心，并把復雜問題通過垂直指揮鏈分配到各個職能部門的管理者,。解決問題的方案要獲得各有關部門的一致同意很費時間，因而對問題的解決反應遲鈍,。由于信息必須經過多個管理層的傳遞,，所以也容易失真。
4,、協(xié)調十分困難,。
對于需要跨部門協(xié)作的項目，組織協(xié)調工作很重要,，如果項目的技術趨向復雜,，這種協(xié)調將變得十分困難。
職能型組織中雖然也有人做協(xié)調工作（見圖）,，但作用有限,。做協(xié)調工作的人，其身份通常是項目聯(lián)絡員或項目協(xié)調員,。項目聯(lián)絡員的作用是作為項目成員之間的溝通聯(lián)絡員,。項目協(xié)調員則有一定的決策權，但也僅限于可以定期組織項目調度會議之類的工作,。